Die reeks vertel die avonture van vier skilpaaie en hul meester en aanneempa, die rot Splinter, wat in die riool van New York woon. Blootstelling aan 'n mutageen het al vyf van hulle in mensagtige wesens verander. Die vier skilpaaie, opgelei deur Splinter in die kuns van Ninjutsu, veg teen verskeie bedreigings vir die stad, of dit nou ander ninjas, mutante, vreemdelinge, misdadigers of soms selfs bonatuurlike wesens is, wat almal probeer om hul bestaan ​​vir die publiek te verberg.