Поредицата разказва за приключенията на четири костенурки и техния господар и осиновител, плъха Сплинтър, живеещ в канализацията на Ню Йорк. Излагането на мутаген ги превърна и петте в човекоподобни същества. Обучени от Splinter в изкуството Ninjutsu, четирите костенурки се борят срещу различни заплахи за града, било то други нинджи, мутанти, извънземни, престъпници или понякога дори свръхестествени създания, всички опитващи се да скрият съществуването си от обществеността.