Serija prikazuje avanture četiri kornjače i njihovog gospodara i usvojitelja, pacova Splintera, koji žive u kanalizaciji New Yorka. Izloženost mutagenu pretvorila ih je u ljudska bića. Obučene od strane Splintera u vještini Ninjutsua, četiri kornjače se bore protiv raznih prijetnji gradu, bilo da se radi o drugim nindžama, mutantima, vanzemaljcima, kriminalcima ili ponekad čak i natprirodnim stvorenjima, koji svi pokušavaju sakriti svoje postojanje od javnosti.