La sèrie narra les aventures de quatre tortugues i el seu mestre i pare adoptiu, la rata Splinter, que viu a les clavegueres de Nova York. L'exposició a un mutàgen els va convertir tots cinc en criatures semblants a les humanes. Entrenades per Splinter en l'art del Ninjutsu, les quatre tortugues lluiten contra diverses amenaces a la ciutat, ja siguin altres ninjas, mutants, extraterrestres, criminals o fins i tot criatures sobrenaturals, tot intentant ocultar la seva existència al públic.