Ang serye nagsaysay sa mga panimpalad sa upat ka mga pawikan ug sa ilang agalon ug nagsagop nga amahan, ang ilaga Splinter, nga nagpuyo sa mga imburnal sa New York. Ang pagkaladlad sa usa ka mutagen nahimo silang lima nga sama sa mga binuhat. Gibansay ni Splinter sa arte sa Ninjutsu, ang upat ka mga pawikan nakig-away batok sa lainlaing mga hulga sa lungsod, bisan ang ubang mga ninjas, mutant, alien, kriminal o usahay bisan supernatural nga mga binuhat, tanan naningkamot sa pagtago sa ilang paglungtad gikan sa publiko.