Série zaznamenává dobrodružství čtyř želv a jejich pána a adoptivního otce, krysy Splintera, žijícího v kanálech New Yorku. Expozice mutagenu proměnila všech pět v bytosti podobné lidem. Čtyři želvy, vycvičené Splinterem v umění Ninjutsu, bojují proti různým hrozbám pro město, ať už jsou to další ninjové, mutanti, mimozemšťané, zločinci nebo někdy dokonce nadpřirozená stvoření, všichni se snaží před veřejností utajit svou existenci.