En klovnefisk skal tage sig af sin eneste søn, Nemo, handicappet af en atrofieret finne.
På sin første skoledag beslutter Nemo sig for at svømme til overfladen for at røre ved en mystisk båd.
Det var dengang, han blev kidnappet af en dykker.
Han møder Dory, en kirurgfisk med umiddelbare hukommelsesproblemer, som hævder at have set båden passere.