Serien fortæller om eventyrene fra fire skildpadder og deres mester og adoptivfar, rottesplinteren, der bor i New Yorks kloakker. Eksponering for en mutagen gjorde dem alle fem til menneskelignende væsner. Trænet af Splinter i kunsten Ninjutsu kæmper de fire skildpadder mod forskellige trusler mod byen, det være sig andre ninjaer, mutanter, rumvæsener, kriminelle eller nogle gange endda overnaturlige væsner, som alle forsøger at skjule deres eksistens for offentligheden.