Die Serie erzählt die Abenteuer von vier Schildkröten und ihrem Herrchen und Adoptivvater, der Ratte Splinter, die in den Abwasserkanälen von New York lebt. Die Einwirkung eines Mutagens verwandelte alle fünf in menschenähnliche Kreaturen. Von Splinter in der Kunst des Ninjutsu geschult, kämpfen die vier Schildkröten gegen verschiedene Bedrohungen für die Stadt, seien es andere Ninjas, Mutanten, Außerirdische, Kriminelle oder manchmal sogar übernatürliche Kreaturen, die alle versuchen, ihre Existenz vor der Öffentlichkeit zu verbergen.