Η σειρά εξιστορεί τις περιπέτειες τεσσάρων χελωνών και του αφέντη και θετού πατέρα τους, του αρουραίου Splinter, που ζει στους υπονόμους της Νέας Υόρκης. Η έκθεση σε ένα μεταλλαξιογόνο μετέτρεψε και τα πέντε σε πλάσματα που μοιάζουν με ανθρώπους. Εκπαιδευμένες από τον Splinter στην τέχνη του Ninjutsu, οι τέσσερις χελώνες πολεμούν ενάντια σε διάφορες απειλές για την πόλη, είτε πρόκειται για άλλους νίντζα, μεταλλαγμένους, εξωγήινους, εγκληματίες ή μερικές φορές ακόμη και υπερφυσικά πλάσματα, όλα προσπαθώντας να κρύψουν την ύπαρξή τους από το κοινό.