La serio kronikas la aventurojn de kvar testudoj kaj ilia majstro kaj adoptpatro, la rato Splinter, vivantaj en la kloakoj de Novjorko. Eksponiĝo al mutageno igis ĉiujn kvin homsimilajn estaĵojn. Trejnitaj fare de Splinter en la arto de Ninjutsu, la kvar testudoj batalas kontraŭ diversaj minacoj al la grandurbo, ĉu ĝi estas aliaj Ŝinoboj, mutaciuloj, eksterteranoj, krimuloj aŭ foje eĉ supernaturaj estaĵoj, ĉiuj provante kaŝi sian ekziston de publiko.