La serie narra las aventuras de cuatro tortugas y su amo y padre adoptivo, la rata Splinter, viviendo en las alcantarillas de Nueva York. La exposición a un mutágeno convirtió a los cinco en criaturas parecidas a los humanos. Entrenadas por Splinter en el arte del Ninjutsu, las cuatro tortugas luchan contra varias amenazas a la ciudad, ya sean otros ninjas, mutantes, extraterrestres, criminales o, a veces, incluso criaturas sobrenaturales, todos tratando de ocultar su existencia al público.