Sari kirjeldab New Yorgi kanalisatsioonis elava nelja kilpkonna ning nende peremehe ja lapsendaja, roti Splinteri seiklusi. Kokkupuude mutageeniga muutis neist kõik viis inimesesarnasteks olenditeks. Splinteri ninjutsu kunstis välja õpetatud neli kilpkonna võitlevad erinevate linna ähvardavate ohtude vastu, olgu selleks siis teised ninjad, mutandid, tulnukad, kurjategijad või mõnikord isegi üleloomulikud olendid, kes kõik üritavad oma olemasolu avalikkuse eest varjata.