New Yorkeko estoldetan bizi diren lau dortoken eta haien maisu eta aita adoptiboaren, Splinter arratoiaren abenturak kontatzen ditu serieak. Mutageno baten esposizioak bost gizakien antzeko izaki bihurtu zituen. Splinter-ek Ninjutsu-ren artean trebatuak, lau dortokek hiriaren aurkako hainbat mehatxuren aurka borrokatzen dute, izan beste ninja, mutante, alien, gaizkile edo batzuetan naturaz gaindiko izaki, guztiak euren existentzia publikoari ezkutatu nahian.