این سریال ماجراهای چهار لاک پشت و ارباب و پدرخوانده آنها موش اسپلینتر را روایت می کند که در فاضلاب نیویورک زندگی می کنند. قرار گرفتن در معرض یک جهش زا هر پنج آنها را به موجوداتی شبیه انسان تبدیل کرد. این چهار لاک‌پشت که توسط اسپلینتر در هنر نینجوتسو آموزش دیده‌اند، با تهدیدهای مختلف برای شهر مبارزه می‌کنند، خواه نینجاهای دیگر، جهش یافته‌ها، بیگانگان، جنایتکاران یا حتی گاهی اوقات موجودات ماوراء طبیعی باشند و همه سعی می‌کنند وجود خود را از مردم پنهان کنند.