Klovnikalan on huolehdittava ainoasta pojastaan Nemosta, joka on vammainen surkastuneen evän takia.
Ensimmäisenä koulupäivänsä Nemo päättää uida pintaan koskettaakseen salaperäistä venettä.
Silloin sukeltaja sieppasi hänet.
Isä lähtee etsimään häntä.
Hän tapaa Doryn, kirurgin, jolla on välittömiä muistiongelmia ja joka väittää nähneensä veneen ohi kulkevan.