Sarja kertoo neljän kilpikonnan ja heidän isäntänsä ja adoptioisänsä rotta Splinterin seikkailuista, jotka asuvat New Yorkin viemärissä. Altistuminen mutageenille teki niistä kaikista viidestä ihmisen kaltaisia ​​olentoja. Splinterin ninjutsun taitoon kouluttamat neljä kilpikonnaa taistelevat kaupunkia uhkaavia erilaisia ​​uhkia vastaan, olipa kyse sitten muista ninjoista, mutanteista, avaruusolennoista, rikollisista tai joskus jopa yliluonnollisista olennoista, jotka kaikki yrittävät salata olemassaolonsa yleisöltä.