Ang serye ay nagsasalaysay ng mga pakikipagsapalaran ng apat na pagong at ang kanilang amo at adoptive na ama, ang daga Splinter, na naninirahan sa mga imburnal ng New York. Ang pagkakalantad sa isang mutagen ay naging mga nilalang na katulad ng tao. Sinanay ni Splinter sa sining ng Ninjutsu, ang apat na pawikan ay lumalaban sa iba't ibang banta sa lungsod, maging ang iba pang mga ninja, mutant, alien, kriminal o kung minsan kahit na mga supernatural na nilalang, lahat ay sinusubukang itago ang kanilang pag-iral mula sa publiko.