Un poisson-clown doit prendre soin de son fils unique, Nemo, handicapé par une nageoire atrophiée.
Lors de son premier jour d'école, Nemo décide de nager jusqu'à la surface pour toucher un mystérieux bateau.
C'est alors qu'il se fait enlever par un plongeur.
Le père part à sa recherche.
Il fait la rencontre de Dory, un poisson-chirurgien ayant des troubles de la mémoire immédiate et qui prétend avoir vu passer le bateau.