La série relate les aventures de quatre tortues et de leur maître et père adoptif, le rat Splinter, vivant dans les égouts de New York. Une exposition à un mutagène les a tous les cinq changés en créatures proche des humains. Entraînées par Splinter à l'art du Ninjutsu, les quatre tortues luttent contre diverses menaces qui pèsent sur la ville, que ce soit d'autres ninjas, des mutants, des extraterrestres, des criminels ou parfois même des créatures surnaturelles, tout cela en essayant de dissimuler leur existence à la population.