De searje beskriuwt de aventoeren fan fjouwer skyldpodden en har master en adoptive heit, de rat Splinter, wenjend yn 'e rioelen fan New York. Bleatstelling oan in mutagen draaide har alle fiif yn minsklike skepsels. Oplaat troch Splinter yn 'e keunst fan Ninjutsu, fjochtsje de fjouwer skyldpodden tsjin ferskate bedrigingen foar 'e stêd, of it no oare ninja's, mutanten, aliens, kriminelen of soms sels boppenatuerlike skepsels binne, allegear besykje har bestean foar it publyk te ferbergjen.