A serie narra as aventuras de catro tartarugas e o seu mestre e pai adoptivo, a rata Splinter, que viven nos sumidoiros de Nova York. A exposición a un mutáxeno converteu os cinco en criaturas semellantes aos humanos. Adestradas por Splinter na arte do Ninjutsu, as catro tartarugas loitan contra diversas ameazas á cidade, xa sexan outros ninjas, mutantes, alieníxenas, criminais ou, ás veces, mesmo criaturas sobrenaturais, todos intentando ocultar ao público a súa existencia.