श्रृंखला चार कछुओं और उनके गुरु और दत्तक पिता, चूहा स्प्लिंटर के कारनामों को बताती है, जो न्यूयॉर्क के सीवर में रहते हैं। एक म्यूटाजेन के संपर्क में आने से उन सभी पांचों को मानव जैसे जीवों में बदल दिया गया। निन्जुत्सू की कला में स्प्लिंटर द्वारा प्रशिक्षित, चार कछुए शहर के लिए विभिन्न खतरों से लड़ते हैं, चाहे वह अन्य निन्जा, म्यूटेंट, एलियंस, अपराधी या कभी-कभी अलौकिक जीव भी हों, सभी जनता से अपने अस्तित्व को छुपाने की कोशिश कर रहे हैं।.