इस फिल्म में मैनहट्टन के न्यूयॉर्क नगर में सेंट्रल पार्क चिड़ियाघर के जानवरों को दिखाया गया है। मार्टी, चिड़ियाघर का एकमात्र ज़ेबरा, जंगली के सपने देखता है। वह चार पेंगुइन से बात करता है जो अंटार्कटिका में वन्यजीवों को खोजने के लिए भागना चाहते हैं। मेलमैन जिराफ ने मार्टी के लापता होने की सूचना दी। वे मार्टी को खोजने के लिए एलेक्स शेर और ग्लोरिया दरियाई घोड़े के साथ तय करते हैं। ये रेस्क्यू मिशन उन्हें मेडागास्कर ले जाएगा.
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