Serija prati pustolovine četiriju kornjača i njihovog gospodara i posvojitelja, štakora Splintera, koji žive u kanalizaciji New Yorka. Izloženost mutagenu svih pet ih je pretvorila u čovjekolika bića. Obučene od Splintera u vještini Ninjutsua, četiri kornjače bore se protiv raznih prijetnji gradu, bilo da je riječ o drugim nindžama, mutantima, izvanzemaljcima, kriminalcima ili ponekad čak i nadnaravnim stvorenjima, a svi pokušavaju prikriti svoje postojanje od javnosti.