A sorozat négy teknős és gazdájuk és örökbefogadó apjuk, a New York-i csatornákban élő patkányszilánk kalandjait mutatja be. A mutagénnek való kitettség mind az ötjüket emberszerű lényekké változtatta. A Splinter által a ninjutsu művészetére kiképzett négy teknős a várost fenyegető különféle fenyegetésekkel küzd, legyen szó más nindzsákról, mutánsokról, földönkívüliekről, bűnözőkről vagy néha akár természetfeletti lényekről is, akik megpróbálják eltitkolni létezésüket a nyilvánosság elől.