Սերիալը պատմում է չորս կրիաների և նրանց տիրոջ և որդեգրած հոր՝ առնետի Սփլինթերի արկածները, որոնք ապրում են Նյու Յորքի կոյուղիներում։ Մուտագենի ազդեցությունը նրանց բոլոր հինգն էլ դարձրեց մարդանման արարածներ: Սփլինթերի կողմից մարզված Նինջուցուի արվեստում չորս կրիաները պայքարում են քաղաքի տարբեր սպառնալիքների դեմ՝ լինեն դա այլ նինձյաներ, մուտանտներ, այլմոլորակայիններ, հանցագործներ կամ երբեմն նույնիսկ գերբնական արարածներ, որոնք բոլորը փորձում են թաքցնել իրենց գոյությունը հանրությունից:.