Serial ini menceritakan petualangan empat kura-kura dan tuan serta ayah angkat mereka, Splinter tikus, yang tinggal di selokan New York. Paparan mutagen mengubah mereka berlima menjadi makhluk mirip manusia. Dilatih oleh Splinter dalam seni Ninjutsu, keempat kura-kura itu bertarung melawan berbagai ancaman terhadap kota, baik itu ninja lain, mutan, alien, penjahat, atau terkadang bahkan makhluk gaib, semuanya berusaha menyembunyikan keberadaan mereka dari publik.