Þættirnir segja frá ævintýrum fjögurra skjaldböku og húsbónda og ættleiðingarföður þeirra, rottunnar Splinter, sem búa í holræsum New York. Útsetning fyrir stökkbreytingu breytti þeim öllum fimm í manneskjulegar verur. Þjálfaðar af Splinter í listinni Ninjutsu, berjast skjaldbökurnar fjórar gegn ýmsum ógnum við borgina, hvort sem það eru aðrar ninjur, stökkbreyttar, geimverur, glæpamenn eða stundum jafnvel yfirnáttúrulegar skepnur, allar að reyna að leyna tilvist sinni fyrir almenningi.