La serie racconta le avventure di quattro tartarughe e del loro padrone e padre adottivo, il topo Splinter, che vivono nelle fogne di New York. L'esposizione a un mutageno ha trasformato tutti e cinque in creature simili a quelle umane. Addestrate da Splinter nell'arte del Ninjutsu, le quattro tartarughe combattono contro varie minacce per la città, che si tratti di altri ninja, mutanti, alieni, criminali o talvolta anche creature soprannaturali, tutti cercando di nascondere la loro esistenza al pubblico.