Сериал Нью-Йорктун канализациясында жашаган төрт таш баканын жана алардын кожоюну жана багып алган атасы келемиш Сплинтердин жоруктарын баяндайт. Мутагендин таасири алардын бешөө тең адамга окшош жандыктарга айланган. Сплинтер тарабынан Ниндзюцу чеберчилигине үйрөтүлгөн төрт таш бака шаар үчүн ар кандай коркунучтарга каршы күрөшөт, мейли башка ниндзялар, мутанттар, келгиндер, кылмышкерлер же кээде табияттан тышкаркы жандыктар болобу, бардыгы өздөрүнүн бар экенин коомчулуктан жашырууга аракет кылышат.