Seriāls vēsta par četru bruņurupuču un viņu saimnieka un adoptētāja žurkas Splintera piedzīvojumiem, kas dzīvo Ņujorkas kanalizācijā. Mutagēna iedarbība pārvērta visus piecus par cilvēkiem līdzīgām būtnēm. Splintera apmācīti Ninjutsu mākslā, četri bruņurupuči cīnās pret dažādiem draudiem pilsētai, neatkarīgi no tā, vai tās ir citas nindzjas, mutanti, citplanētieši, noziedznieki vai dažreiz pat pārdabiski radījumi, kas visi cenšas slēpt savu eksistenci no sabiedrības.