Серијата ги прикажува авантурите на четири желки и нивниот господар и посвоител, стаорецот Сплинтер, кој живее во канализацијата на Њујорк. Изложеноста на мутаген ги претвори сите пет во суштества слични на луѓе. Обучени од Сплинтер во уметноста на Нинџуцу, четирите желки се борат против различни закани за градот, било да се тоа други нинџи, мутанти, вонземјани, криминалци или понекогаш дури и натприродни суштества, сите обидувајќи се да го сокријат своето постоење од јавноста.