Siri ini mengisahkan pengembaraan empat penyu dan tuan dan bapa angkat mereka, Tikus Splinter, yang tinggal di pembetung New York. Pendedahan kepada mutagen mengubah kelima-lima mereka menjadi makhluk seperti manusia. Dilatih oleh Splinter dalam seni Ninjutsu, empat penyu itu melawan pelbagai ancaman kepada bandar, sama ada ninja lain, mutan, makhluk asing, penjenayah atau kadang-kadang makhluk ghaib, semuanya cuba menyembunyikan kewujudan mereka daripada orang ramai.