De serie beschrijft de avonturen van vier schildpadden en hun meester en adoptievader, de rat Splinter, die in de riolen van New York leven. Blootstelling aan een mutagene stof veranderde ze alle vijf in mensachtige wezens. Getraind door Splinter in de kunst van Ninjutsu, vechten de vier schildpadden tegen verschillende bedreigingen voor de stad, of het nu gaat om andere ninja's, mutanten, buitenaardse wezens, criminelen of soms zelfs bovennatuurlijke wezens, die allemaal proberen hun bestaan ​​voor het publiek te verbergen.