Serien forteller om eventyrene til fire skilpadder og deres herre og adoptivfar, rottesplinten, som bor i kloakken i New York. Eksponering for et mutagen gjorde alle fem til menneskelignende skapninger. Opplært av Splinter i kunsten Ninjutsu, kjemper de fire skilpaddene mot ulike trusler mot byen, det være seg andre ninjaer, mutanter, romvesener, kriminelle eller noen ganger til og med overnaturlige skapninger, som alle prøver å skjule sin eksistens for publikum.