Seria opowiada o przygodach czterech żółwi oraz ich pana i przybranego ojca, szczura Splintera, mieszkającego w kanałach Nowego Jorku. Ekspozycja na mutagen zmieniła całą piątkę w stworzenia podobne do ludzi. Wyszkolone przez Splintera w sztuce Ninjutsu, cztery żółwie walczą z różnymi zagrożeniami dla miasta, czy to innymi ninja, mutantami, kosmitami, przestępcami, a czasem nawet nadprzyrodzonymi stworzeniami, wszystkie próbujące ukryć swoje istnienie przed opinią publiczną.