A série narra as aventuras de quatro tartarugas e seu mestre e pai adotivo, o rato Splinter, vivendo nos esgotos de Nova York. A exposição a um mutagênico transformou todos os cinco em criaturas semelhantes a humanos. Treinadas por Splinter na arte do Ninjutsu, as quatro tartarugas lutam contra várias ameaças à cidade, sejam outros ninjas, mutantes, alienígenas, criminosos ou às vezes até criaturas sobrenaturais, todos tentando esconder sua existência do público.