Serialul relatează aventurile a patru țestoase și stăpânul și tatăl lor adoptiv, șobolanul Splinter, care trăiesc în canalele din New York. Expunerea la un mutagen i-a transformat pe toți cinci în creaturi asemănătoare oamenilor. Antrenate de Splinter în arta Ninjutsu, cele patru țestoase luptă împotriva diferitelor amenințări la adresa orașului, fie că este vorba de alți ninja, mutanți, extratereștri, criminali sau uneori chiar creaturi supranaturale, toate încercând să-și ascundă existența publicului.