Сериал рассказывает о приключениях четырех черепашек и их хозяина и приемного отца, крысы Сплинтера, живущих в канализации Нью-Йорка. Воздействие мутагена превратило всех пятерых в человекоподобных существ. Обученные Сплинтером искусству ниндзюцу, четыре черепахи сражаются с различными угрозами городу, будь то другие ниндзя, мутанты, инопланетяне, преступники или иногда даже сверхъестественные существа, пытающиеся скрыть свое существование от общественности.