Séria zaznamenáva dobrodružstvá štyroch korytnačiek a ich pána a adoptívneho otca, potkana Splintera, ktorý žije v kanáloch New Yorku. Vystavenie mutagénu zmenilo všetkých päť na tvory podobné ľuďom. Štyri korytnačky, vycvičené Splinterom v umení Ninjutsu, bojujú proti rôznym hrozbám pre mesto, či už sú to iní ninjovia, mutanti, mimozemšťania, zločinci alebo niekedy dokonca nadprirodzené stvorenia, ktoré sa snažia pred verejnosťou utajiť svoju existenciu.