Serija prikazuje pustolovščine štirih želv ter njihovega gospodarja in posvojitelja, podgane Splinterja, ki živi v kanalizaciji New Yorka. Izpostavljenost mutagenu je vseh pet spremenila v človeku podobna bitja. Štiri želve, ki jih je Splinter uril v veščini Ninjutsu, se borijo proti različnim grožnjam mestu, pa naj gre za druge ninje, mutante, nezemljane, kriminalce ali včasih celo nadnaravna bitja, ki vsi poskušajo prikriti svoj obstoj pred javnostjo.