Серија приказује авантуре четири корњаче и њиховог господара и усвојитеља, пацова Сплинтера, који живе у канализацији Њујорка. Излагање мутагену претворило их је у људска бића. Обучене од Сплинтера у вештини Нинџуцуа, четири корњаче се боре против разних претњи по граду, било да се ради о другим нинџама, мутантима, ванземаљцима, криминалцима или понекад чак и натприродним створењима, који сви покушавају да сакрију своје постојање од јавности.