Serien berättar om äventyren för fyra sköldpaddor och deras herre och adoptivfar, råttan Splinter, som bor i New Yorks avlopp. Exponering för en mutagen gjorde dem alla fem till människoliknande varelser. Utbildade av Splinter i konsten Ninjutsu, de fyra sköldpaddorna kämpar mot olika hot mot staden, vare sig det är andra ninjor, mutanter, utomjordingar, brottslingar eller ibland till och med övernaturliga varelser, som alla försöker dölja sin existens för allmänheten.