ซีรีส์บันทึกเรื่องราวการผจญภัยของเต่าสี่ตัวกับเจ้านายและพ่อบุญธรรมของพวกมัน หนู Splinter ที่อาศัยอยู่ในท่อระบายน้ำของนิวยอร์ก การสัมผัสกับสารก่อกลายพันธุ์ทำให้พวกเขาทั้งห้ากลายเป็นสิ่งมีชีวิตที่เหมือนมนุษย์ เต่าทั้งสี่ได้รับการฝึกฝนโดย Splinter ในศิลปะของ Ninjutsu ต่อสู้กับภัยคุกคามต่างๆ ในเมือง ไม่ว่าจะเป็นนินจาตัวอื่นๆ มนุษย์กลายพันธุ์ มนุษย์ต่างดาว อาชญากร หรือแม้แต่สิ่งมีชีวิตเหนือธรรมชาติ ล้วนพยายามปกปิดการมีอยู่ของพวกมันจากสาธารณะ.