Serial Nyu-York kanalizatsiyasida yashovchi to'rtta toshbaqa va ularning xo'jayini va asrab oluvchi otasi kalamush Splinterning sarguzashtlari haqida hikoya qiladi. Mutagen ta'siri ularning beshtasini ham odamga o'xshash jonzotga aylantirdi. Splinter tomonidan Ninjutsu san'ati bo'yicha o'rgatilgan to'rtta toshbaqa shahar uchun turli tahdidlarga qarshi kurashadi, xoh u boshqa ninjalar, mutantlar, o'zga sayyoraliklar, jinoyatchilar yoki hatto ba'zan g'ayritabiiy mavjudotlar, ularning barchasi o'z borligini jamoatchilikdan yashirishga harakat qiladi.