Bộ truyện kể về cuộc phiêu lưu của bốn chú rùa cùng chủ nhân và cha nuôi của chúng, chú chuột Splinter, sống dưới cống rãnh ở New York. Tiếp xúc với một chất gây đột biến đã biến cả năm người họ thành những sinh vật giống người. Được Splinter huấn luyện về nghệ thuật Ninjutsu, bốn chú rùa chiến đấu chống lại nhiều mối đe dọa khác nhau đối với thành phố, có thể là các ninja khác, dị nhân, người ngoài hành tinh, tội phạm hoặc đôi khi là cả những sinh vật siêu nhiên, tất cả đều cố gắng che giấu sự tồn tại của chúng trước công chúng.